汕头大学医学院基础医学系成立于2021年12月。学系拥有“基础医学”和“生物学”两大一级学科的硕士点、博士点和博士后流动站，具备学士、硕士、博士学位和博士后的完整培养体系。

基础医学是现代医学的基础，也是是汕头大学最早的学科之一，早在1998年即获得我校首个二级学科博士授权点“病理学与病理生理学”，2022年获批为“国家重点学科”，设立“长江学者”特聘教授岗位；2001年成为“基础医学”博士后科研流动站；2006年“基础医学”获国务院学位委员会批准为首批一级学科硕士学位授权点，其二级学科“免疫学”2006年获得博士学位授权点。2012年，基础医学整体被评为广东省重点学科。2021年，“基础医学”获得一级学科博士学位授权点。2024年，获批在“基础医学”下自设二级学科“分子医学”，拓宽了本优势学科的发展空间，提高了国际竞争力。

本学科的优势与特色在于：1）针对汕头地区高发的食管癌，开展分子病理机制、早期诊断、放化疗敏感性分子标志物研究，特色鲜明，优势明显；2）深入研究心血管生理及病理生理调控新机制，获得国际认可；3）依托教育部国际合作联合实验室，与香港大学合作开展高致病性禽流感分子病毒学与综合防治研究，位于该领域国际前沿。已形成5个稳定学科方向，专任教师102人，博导25位。近3年主持各类科研项目52项，其中包括国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级项目14项，总经费1730万元；“感染性疾病研究与防治”入选广东高水平大学重点学科建设项目。在主流学术期刊发表SCI论文162篇。2017年作为主要完成单位之一获国家科学技术进步奖特等奖，另获得省自然科学二等奖等3项省部级奖项。本学科有国家级一流课程等国家级建设课程8门，多名教师获包括国家级教学成果一等奖在内的教学奖励。近年来获省教学团队2个，取得国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果一等奖3项。拥有教育部 “病毒学与新发传染病国际合作联合实验室”等研究平台。2020年获批设立基础医学门类下的生物医学科学本科专业，近3年有104名硕士生获得学位，31名博士生获得学位。由此可见，本学科立足粤东，形成了“学士-硕士-博士-博士后”人才培养体系，而且还成功建立了一批具有粤东地区乃至广东省特色的研究平台，拥有培养高层次人才的良好条件，是我校主要的支撑与领头学科。